Koszt budowy i utrzymania systemu eWUŚ nie był wysoki. Do 2015 r. na jego budowę i kolejne modyfikacje wydano ok. 13 mln zł. Bieżąca obsługa eWUŚ związana z utrzymaniem w ciągłej gotowości systemu (24 h na dobę, 7 dni w tygodniu, 365 dni w roku) wymagała również zwiększenia zatrudnienia w centrali Narodowego Funduszu Zdrowia o 6 etatów. To oczywiście nie wszystkie koszty. Każdy przypadek wykrycia przez eWUŚ braku ubezpieczenia pracownicy NFZ muszą zweryfikować w ZUS. Bardzo często okazuje się, że osoby oznaczone, jako nieubezpieczone mają prawo do świadczeń. Skomplikowana sprawa dotyczy np. studentów. Podjęcie pracy przez studenta choćby na umowie-zlecenie, zgodnie z obowiązującym prawem, powoduje wygaśniecie tego tytułu.
Bezpośrednie korzyści finansowe z wdrożenia eWUŚ okazały się niewielkie. Według danych z systemu eWUŚ może wynikać, że około 10% Polaków nie ma ubezpieczenia zdrowotnego. Głębsza analiza danych pokazuje jednak, że są to przede wszystkim osoby, które pracują na podstawie umów cywilnoprawnych lub niezgłoszeni do ubezpieczenia członkowie rodzin osób ubezpieczonych. Rzeczywisty problem braku ubezpieczenia dotyczy około 2 mln osób, czyli około 5 proc. Polaków.
Do końca 2015 roku Narodowemu Funduszowi Zdrowia od chorych, którzy bez ubezpieczenia skorzystali ze świadczeń zdrowotnych udało się odzyskać około 500 tys. zł, co stanowi – w zależności od oddziału wojewódzkiego – od kilku do kilkunastu procent długów. Największy problem dotyczy pacjentów, którzy zgłosili się bez uprawnień do lekarza pierwszego kontaktu, tj. zostali przyjęci na podstawie nieprawdziwego oświadczenia o ubezpieczeniu zdrowotnym. Oni kosztują NFZ najwięcej, jednak z uwagi na stosunkowo niewielki koszt jednostkowy porady w POZ, nikt nie egzekwuje kwot od tych pacjentów, gdyż ewentualna egzekucja kosztowałaby NFZ więcej niż kwota odzyskana. Przykładowo w woj. łódzkim, w 2014 r. w sposób nieuprawniony ze świadczeń skorzystało 22,4 tys. pacjentów, z czego ponad 14 tys. przypadków dotyczyło świadczeń, których wartość nie przekroczyła 100 zł.
Zdaniem Adama Kozierkiewicza – eksperta ds. ochrony zdrowia, trudność w skutecznym odzyskiwaniu pieniędzy od nieubezpieczonych pacjentów nie powinno być argumentem, aby system potępiać. Jego zdaniem bardziej istotne od egzekucji kosztów już poniesionych przez NFZ na leczenie osób nieuprawnionych, jest presja na posiadanie ubezpieczenia. Bez obowiązku wykazania się ubezpieczeniem automatycznie spadłaby ściągalność składki, a wiele osób po prostu przestałoby płacić ubezpieczenie.